INTRODUÇÃO:  A metodologia da Aprendizagem Baseada em Problemas estimula a autonomia e pensamento crítico do aluno na construção do conhecimento através do incentivo ao desenvolvimento de habilidades como pesquisa, discussão e problematização. A metodologia é centrada no aluno como protagonista do processo de ensino-aprendizagem, tendo o professor o papel de facilitador/tutor desse processo; em sua implementação, são identificadas potencialidades e dificuldades na formação acadêmica. OBJETIVO: Relatar a experiência de acadêmicos sobre potencialidades e dificuldades vivenciadas na metodologia da aprendizagem baseada em problemas.  MÉTODO: Trata-se de um relato de experiência sobre a vivência de acadêmicos de enfermagem e medicina de uma universidade pública do interior do Nordeste a respeito da metodologia implementada nos cursos, a aprendizagem baseada em problemas, entre 2017 e 2019. RESULTADOS: Identificou-se potencialidades como o protagonismo do aluno no aprendizado; desenvolvimento da autonomia, responsabilidade e pensamento crítico na resolução de casos clínicos; aperfeiçoamento de habilidades interpessoais, intrapessoais e de comunicação; além de maior aprendizado.  As dificuldades vivenciadas incluíram a adaptação ao modelo de ensino ativo e preocupações sobre a delimitação da profundidade de conteúdo a ser discutido e da participação ativa nas discussões das sessões tutoriais, como parte do processo avaliativo. DISCUSSÃO E CONCLUSÃO: A metodologia apresenta potencialidades e dificuldades ao ser implementada na formação acadêmica; no entanto, influencia positivamente na formação de profissionais críticos e imersos na resolução de problemas, potencializando   habilidades e competências de liderança e autenticidade e preparando-os para o mercado profissional. Dessa forma, sua implementação torna o processo de ensino-aprendizagem mais dinâmico e participativo.  CONTRIBUIÇÕES E IMPLICAÇÕES PARA A ENFERMAGEM: Reconhecimento do uso da metodologia de aprendizagem baseada em problemas na formação de conhecimentos mais sólidos no processo de ensino-aprendizagem e de profissionais com melhor raciocínio clínico e pensamento crítico.