Este estudo avaliou a influência da profilaxia na rugosidade superficial da dentina radicular após instrumentação manual, ultrassônica e rotatória. Cinquenta raízes bovinas foram preparadas e divididas aleatoriamente em 10 grupos (n=5): instrumentação com curetas de Gracey 5/6; instrumentação ultrassônica e instrumentação rotatória, estes procedimentos foram associados ou não com profilaxia utilizando dois tipos de pasta: fina ou com hidroxiapatita a 3%; e um grupo controle sem tratamento. A rugosidade foi avaliada pelo rugosímetro utilizando os parâmetros Ra e Rz, e posteriormente foram analisadas qualitativamente pela microscopia eletrônica de varredura (MEV). Os resultados mostraram que o método de profilaxia, o método de raspagem e a interação entre os dois fatores influenciaram significativamente (p<0,05) na rugosidade da superfície radicular. Instrumentação ultrassônica e profilaxia com pasta com hidroxiapatita a 3% resultou em menores valores de Ra (0.14μm±0.02μm) e Rz (0.89μm ± 0.18 μm) quando comparado com os outros métodos. A análise do MEV mostrou superfícies mais lisas e homogêneas nos grupos com profilaxia quando comparados com os grupos sem profilaxia. Os resultados indicam que o uso de profilaxia após raspagem radicular diminui significativamente a rugosidade superficial, a qual está associada à maior retenção de biofilme.